Разположен в долината на Чипровска река на 6 километра североизточно от гр. Чипровци, е свързан с борбите за освобождение от турско иго. В летописите на манастира са отбелязани шест пожара и разрушения. Първия път това станало през 1404 г. след въстанието на Константин и Фружин, защото в манастира се укривал престолонаследникът Константин. Вероятно за това от векове един бистър извор носи името — Царев кладенец.
След поражението на Чипровското въстание (1688 г.), манастирът бива разрушен и опожарен от турците. Богатата му библиотека с много славянски книги и ценни икони била унищожена. Възстановен в края на XVII и началото на XVIII век манастирът развива оживена духовна дейност не само в България и на Балканите, а и с някои руски манастири. През 1802 г. руският император Александър I Благословени (1801–1825 г.) дарил на Чипровския манастир богато украсено евангелие. През 1806 г. манастирът е разрушен и изгорен от берковския паша Юсуф бей. След 12 години манастирът отново е изграден, но в 1828 г. отново е разрушен до основи. Следващата 1829 г. отново възкресява манастира. Тогава е построена и църквата на манастира представляваща продълговата, триконхална каменна сграда. Старите икони са дело на коприщенския иконописец Христо Енчев (1828–1891 г.). В североизточната част на манастирския двор се издига манастирската кула, в която се съхраняват костите на жертви от Чипровското въстание. През 1993 г. манастирът е благоустроен от създадения през 1991 г. Инициативен комитет за възраждане на Чипровския манастир с благословението и помощта на Негово Високопреосвещенство Видински митрополит Дометиан. Днес манастирът е действащ и в него обитава монашеско братство.