В най-северозападната част на Видинска епархия, в гористото живописно подножие на старопланинския връх Черноглав, между селата Раковица, Старопатица и Киряево, Кулска духовна околия, е разположен Раковишкият манастир „Света Троица“. От най-старата му история, както посочва Д. Цухлев, няма „никакви документални сведения, но народното предание отнася построяването му към първото българско царство, а разорението – през време на падането на Бдинското царство“. Но може да се предположи, че манастирът е възникнал още в ранното средновековие (X–XI век), а във втората половина на XIV век при царуването на Иван Срацимир е бил важен и книжовен център на Видинската епархия. Раковишкият манастир е разграбен и опожарен по време на самостоятелния видински паша Осман Пазвантоглу (1758–1807 г.). Оцелява само малката старинна кръстовидна църква, подобна на църквата на Добридолския манастир. Този архитектурен тип произлиза през Първото българско царство (681–1018 г.). От друга страна, релефните орнаменти над входните врати на църковната сграда отговарят на плочата от аязмото на Синаговския манастир „Св. Троица“, развалините на който се отнасят към управлението на Бдинския владетел Шишман I (1277–1313 г.).
Раковишкият манастир е възстановен и реставриран от йеромонах Герасим, през 1825 г. Това се вижда от възпоменателния надпис в храма: „От рожд. Господа Бога Слова 1825, индикт 13, юний 27“. Епиграфските данни свидетелстват още, че църквата е била обновена от живописците Кръстьо Захариев (1785–1850 г.) и Досю Коюв от Тревненската живописна школа, които създават стенописната ѝ украса.
Раковишкият манастир е свързан с името на Васил Атанасов (1876–1943 г.), създател на Видинския археологически музей, който през 1927 г. писмено подновява настояването си пред Държавния археологически музей в София, да обяви манастира за национална старина под охраната на закона, което и става. Той пръв оценява и излага неговото културно-историческо и църковно значение.
Особено ценна обаче е една приписка върху кориците на книга от Раковишкия манастир: „да се знае кога се дигна Видинската буно сене 1 юни 1850 година та са бугари с турциму мегдано делили“. Отнася се явно до голямото Видинско въстание от 1850 г., в което Моравската и Видинска покрайнини отбелязват брой на дадени жертви и придобивки, които в известен смисъл могат да се сравняват само с Априлското въстание от 1876 г. От Раковишкия манастир всичко се заявява пред демократичната общественост на тогавашна Европа.
През 1830 г. игуменът на манастира йером. Даниил и Петрак Шишманов (†1848) откриват училище за децата от околните на манастира села, а през 1848 г. монах Филип открива първото в Северозападна България училище за свещеници и учители. При светителството на Видинския митрополит Неофит (1914–1971 г.) е изградена и осветена от епархийския архиерей новата църква (1944 г.) на Раковишкия манастир. Наред с това с помощта на Видинския Неофит при игуменството на монахиня Харитина са построени две нови жилищни сгради.
През най-новата история манастирът претърпява голямо бедствие. По време на съпротивата на селяните във Видинско срещу новата власт, която насилствено отнема техните земи, едър и дребен добитък и стопански инвентар. За изпълнение на партийната задача е мобилизирана 6-а пех. Видинска дивизия гр. Враца, гранични войски, милиция и доброволни отряди. На 1 септември 1951 г. граничните и военните власти завземат жилищните сгради на манастира, братството е евакуирано в Добридолския манастир, заедно с добитъка, храните, стопанския инвентар и манастирската покъщнина и църковна утвар, която наполовина е повредена и поругана. Поземленият манастирски имот е изоставен и ограбен.
Църковно-народната дейност на манастира пресеква цели пет години. Материалните загуби по тогавашния курс на лева, при най-скромна оценка, възлизат на стотици хиляди лева. Манастирът е освободен едва на 1 ноември 1955 г., а напълно опразнен чак на 1 ноември 1956 г., след пълното потушаване бунтовете на селянчеството.
Епархийският архиерей Видински Неофит задължава и възлага на викарния си епископ Проватски Софроний да се погрижи за оцелелите манастирски сгради и храма. Епископ Софроний приема жилищните помещения доста повредени, а стопанските сгради наполовина разрушени. Имотите обрасли с тръни и храсти, манастирското лозе изсъхнало, а плодните дръвчета отсечени от напусналите военни власти. Епархийската управа и епископ Софроний полагат много труд и изразходват всички спестени средства, за да може да се възстановят, колкото е възможно, манастирските сгради и почистят полските имоти от тръни и храсти, за да могат да се обработват.
Едва през 1957 г. са възобновени стопанските сгради и се реставрира и заздравява старата църква. За строителна и възстановителна дейност с помощта на християнски труд и строителни материали, Видинската света митрополия изразходва десет хиляди лева, от които осем хиляди лева отпуска Светия синод. По времето на Видинския митрополит Даниил, сега Български патриарх, манастирът е населяван от монашеско сестринство с игумения Касиана, а от 2025 г. манастирът е мъжки и негов игумен е архимандрит Яков.